1.位置不同
成都市博物馆，是中国西南地区一家综合性博物馆，位于四川省省会成都市蜀都大道大慈寺路23号（即著名古刹大慈寺内）。
成都自然博物馆是由成都市人民政府与成都理工大学在校区内共同策划、筹备、建设的一所自然博物馆，位于成都市成华区成华大道，成都理工大学西侧，又名成都理工大学博物馆。
2.功能不同
成都博物馆馆内主要展出成都地区历年出土的各类文物，反映了古蜀文化概貌及成都历史上经济文化发展的过程。负责全市范围内的文物征集、收藏、陈列、宣传和研究工作。
成都自然博物馆主要展示矿物、岩石、矿产、宝玉石、古生物，以及现如今动植物等，目前有标本6万余件。
