总体来说，各有千秋，具体看你将来想从事哪个方向。
中山大学医学院是原来的中山医科大学，在全国都很有名，历史悠久，综合实力也很强，全国第六（医学院校排名）。其附属的中山医院是全国综合实力排名第二，还是相当具有实力的。合校以后的中山大学医学院在名气上受了一定影响，近几年的分数总体来说比前些年有所降低，更容易进去。另外由于其处在广州，地理位置不错，与国外的交流比较多，将来如果想出国发展还是有一定优势的。
第四军医大学，由于是部队院校，神秘色彩很浓，没有参与排名。但是军队院校的能力，管理，教学水平也都是没的说的，相当一流。四军大附属的西安西京医院是全国排名第八的综合性医院，比中山医院差点。个人感觉第四军医大比一军大（南方医科大学）和二军大无论名气和实力上都更胜一筹。此外军医大学的外科肯定相对来说更好，研究能力也很突出，将来的就业也更容易。考这类学校的分数不一定很高，但也不会低，身体素质方面肯定要过关的，体检比较严格。
具体可以参考：
和
