1、概念不同
港澳通行证是大陆居民前往台湾地区定居、探亲或应邀参加经济、科技、文化、教育、学术等活动，向户口所在地的市、县公安机关出入境管理部门提出申请，凭公安出入境管理部门签发的；
而商务签证是去目的地国商务考察者办理商务签证后在该国只能作短期逗留，考察人员应该在签证固定的时间内离开该国家。
2、签发地不同
港澳通行证是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件；
而商务签证是有关人员因公务或者个人原因去目的地国家从事投资、贸易、会议、展览、劳务等方面事务所进行的实地考察或洽谈。这类人员进入目的地国时需持商务访问签证。
3、要求不同
港澳通行证内地居民前往香港或澳门特别行政区定居，向户口所在地的市、县公安出入境管理部门提出申请。凭公安出入境管理部门签发的前往港澳通行证前往。
商务签证部分国家移民局要求赴本国考察、访问人员必须身体健康、无刑事犯罪记录，对该国的国家安全不会构成威胁。
